【質問】レイヤーとブロイラーで体温は違いますか？

最初の体温は同じだと思います。
筋肉量の問題ですね。

筋肉は熱源となり、体温をつくる器官なので、筋肉が多い肉用の方が、熱をつくって体温を長く維持できます。

例えるなら、寒い冬に長時間、マッチョとスレンダーを立たせたとき、スレンダーの方が先に寒さにやられるイメージです。
（肉用鶏は大型、採卵鶏は細身の傾向があります）

なので卵用鶏もある程度筋肉がついてきたら、肉用と同じように振る舞えるようになります。